Kirkens historie begynder tilbage i 1924, hvor 2 præster i Valby Sogn blev enige om, at der burde være en kirke i den del af sognet, der lå syd for “vestbanen”.

Der blev nedsat en kommission, der i januar 1925 startede en indsamling til formålet. Resultatet af denne, sammen med tilskud fra blandt andet Kirkefondets almindelige, landsdækkende indsamling – hvoraf de to amter, Vejle og Frederiksborg lod deres bidrag gå direkte til denne kirkesag – samt et tilskud fra Kirkesagens Venner i København, bevirkede, at en tidligere købt byggegrund til kirkebyggeri blev erstattet af en bedre egnet i Trekronergade.           

Efter en konkurrence udskrevet blandt udvalgte, blev arkitekt Emil Engells projekt valgt.                                         

Herefter kunne byggeriet påbegyndes. Dette skete den 10. juli 1929, og grundstensned­læggelsen fandt sted den 15. september 1929 ved stiftsprovst Henry Ussing.

Kirken blev dog ikke bygget færdig – fordi pengenvar små, stoppede man, da kirkens krypt var bygget, og denne blev så af Sjællands biskop indviet som kirkesal og menighedshus ved en højtidelighed den 13. september 1931.

Den 31. december 1939 blev krypten indviet som filialkirke til Jesuskirken i Valby Sogn, og allerede den 1. december 1940 indviedes krypten som selvstændig kirke i eget sogn “til fuld gudstjenestelig brug”, det vil sige med altergang og øvrige kirkelige handlinger. Efterfølgende udskiltes sognet samt de ligeledes nye sogne Ålholm og Vigerslev fra Valby Sogn og Timotheus Sogn.

Det nye sogn med den nye kirke kom til at hedde Johannes Døbers Kirkes
SognDen 24. marts 1957 fortsattes kirkebyggeriet, og den færdige kirke – dog uden tårn – indviedes 1. søndag i advent, den 30. november 1958.

Stilformerne i kirken er forenklet klassicistisk. – Loftets tøndehvælv bæres af store arkadebuer, hvis piller forneden er gennembrudt af rundbuede åbninger, der går igen i kirkens krypt.