Margrethe Sogn blev 1. april 1965 udskilt fra Vigerslev Sogn.
Den første kirke var en Vandrekirke og blev tegnet af arkitekt Holger Jensen. 
Denne kirke blev indviet 6. september 1964. 

Johanne Andersen var den første præst ved Margrethe Sogn, ligesom hun var landets første kvindelige præst. 
Johanne Andersen var meget aktiv såvel i sit embede som med indsamling til bygning af den nuværende kirke. Med indsamling og salg af 5 mio. postkort var der skaffet 700.000 kr. hvilket gav mulighed for lån og statstilskud. Pris for byggeriet var 2.896.000 kr. 

Byggeriet blev en realitet da den daværende Tronfølger, Prinsesse Margrethe lagde grundstenen til kirken d. 21. november 1968. 

Pastor Johanne Andersen (1913-1999)
Johanne Andersen voksede op på Falster. Hun begyndte at studere teologi på et tidspunkt hvor kvinder endnu ikke havde adgang til præsteembedet. I 1945 blev hun cand. theol. fra Københavns Universitet og fortsatte derefter sine studier i Uppsala.

I sommeren 1946 underviste hun på Askov Højskole, og mens hun var der blev hun opfordret til at blive præst i valgmenighedskirken i Nørre Ørslev på Falster. I oktober 1946 indstillede Nørre Ørslev Johanne Andersen til embedet som valgmenighedspræst. Fra 1947 blev hun ansat som hjælpepræst. Da kvinder endnu ikke havde adgang til præsteembedet, fungerede hun som prædikant, men undlod at forrette dåb og altertjeneste.

I 1947 vedtog Rigsdagen den lov der gav kvinder adgang til præsteembedet, og året efter blev Johanne Andersen valgmenighedspræst. Biskoppen over Lolland-Falsters Stift ville dog ikke ordinere en kvinde. Derfor blev Johanne Andersen sammen med to andre kvindelige teologer Ruth Vermehren og Edith Brenneche Petersen i 1948 ordineret af Fyns biskop H. Øllgaard.

I 1957 blev Johanne Andersen ansat ved Vigerslev Kirke. Da sognet var meget stort arbejdede hun for at få oprettet et nyt sogn med en selvstændig kirke, og da Margrethekirken i 1970 var færdigbygget blev hun kirkens første præst. Johanne Andersen var meget aktiv såvel i sit embede som med indsamling til bygning af den nuværende kirke. Hun arbejdede ved Margrethekirken indtil 1975, hvor hun flyttede tilbage til sin hjemegn, Falster.

Dansk Kvindebiografisk Leksikon.